El grupo del M-19 reclama vía radio por lo que acaba de suceder sin encontrar respuesta. La situación se torna tensa y hacia la media noche el Ejército reorganiza un nuevo grupo que intentará tomarse la aeronave por la fuerza aprovechando la inmovilidad de la misma y la oscuridad. El comando de fuerzas especiales moviliza algunas escaleras convencionales alcanzando las dos puertas delanteras y el ala derecha pretendiendo penetrar por las entradas de emergencia aprovechando que las cortinillas de las ventanas del avión habían sido cerradas. Las tropas intentan abrir las puertas delanteras del 727 con unas barras metálicas, lo cual produjo ruidos que alertaron a los miembros del M-19 dentro del avión. Uno de ellos abre la ventanilla de la cabina de mando y logra ver un miembro del Ejército parado sobre la escalera intentando forzar la puerta, le dispara y este cae ileso de la escalera. Inmediatamente se genera un intercambio de disparos entre tropas del Ejército que se encontraban debajo del 727 y los guerrilleros que disparaban a través de las ventanas laterales de la cabina de mando y las puertas del avión.
El tiroteo fue nutrido hasta que el comando guerrillero, según la prensa, agotó la munición. El fuselaje del avión fue penetrado por múltiples impactos de arma de fuego de alta velocidad, algunos de los disparos alcanzaron el interior de la aeronave en el panel del ingeniero de vuelo, el galley delantero y el mamparo que separa el galley de la primera fila de sillas en el lado derecho. El grupo armado dentro del avión se comunica con la torre de control y anuncia que si no se produce un alto al fuego se verán en la obligación de utilizar los explosivos, el piloto también informa a la torre de control que el daño del ala es de tal gravedad que la ruptura del tanque causó un derrame de 7.000 galones de gasolina sobre la pista. El grupo del M-19 detiene la respuesta de fuego desde adentro del 727 y el tiroteo se calma, luego de eso y previa notificación radial entran 2 camperos del Ejército y recogen al comando que intentaba liberar la aeronave.
Sin ninguna posibilidad de escapar del avión ni de moverlo, el grupo armado insiste en negociar con el Arzobispo Sarasti, quien a su vez enfrentaba a los comandantes de la operación militar que insistían en tomarse el 727 por la fuerza. A las 02:00 horas del 28 de enero el Arzobispo se comunica telefónicamente con el presidente Julio Cesar Turbay exponiéndole la critica situación y la posibilidad de un desenlace fatal de persistir la operación militar. El presidente Turbay, reacio a negociar con la guerrilla, en un principio no acepta, pero su Ministro de Gobierno le insiste que el costo político de un desenlace fatal podría ser negativo para las futuras elecciones presidenciales que afrontaría a nombre del partido liberal el ex Presidente Alfonso López Michelsen. Ante esto, el presidente accede a llamar a su Ministro de Defensa, Fernando Landazabal Reyes quien intenta comunicarse infructuosamente con el aeropuerto, cuyas instalaciones habían sido desalojadas de personal civil por parte del Ejército. Durante el desalojo, la persona a cargo del conmutador deja bajo llave las instalaciones haciendo imposible la recepción de la llamada.
Intentan comunicarse con las instalaciones de la Tercera Brigada en Cali sin respuesta y finalmente logran comunicarse con el Batallón Pichincha en Cali, donde finalmente un estafeta informa vía radio la orden de suspender las operaciones. A las 03:30 del 28 de enero el Arzobispo Sarasti informa desde la torre de control al “Comandante 3” que el Presidente de la República había ordenado al Ministro de Defensa el cese de las operaciones militares. En medio de la desconfianza propia de la situación el resto de la noche permanece en calma y hacia las 06:00 el comando armado nuevamente se comunica con la torre de control y solicita un nuevo avión para abandonar CLO. La llegada de la luz del día permite evidenciar el grave daño estructural del ala, en la cual se pueden observar las varillas y la carpa del camión incrustadas en su interior por la violencia del impacto.
