En Junio de 1994 se presento un paro nacional de pilotos y la isla de San Andrés quedo totalmente desamparada, sin posibilidad de comunicación con el resto del pais. Cabe anotar que la Isleña de Aviación fue la única aerolínea nacional que parecía quedar por fuera del conflicto, y aprovecho esos días para movilizar sus aviones totalmente llenos.
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Imagen: Colección de Jaime Escobar
El 8 de julio de 1994, la Dirección Nacional de Estupefacientes le canceló a Isleña de Aviación, el llamado Certificado de Carencia de Informes por Narcotráfico, sin el cual las compañías de transporte pierden también la licencia de funcionamiento. La Aeronáutica Civil procedió a cancelar el permiso correspondiente ante las demandas e investigaciones a raíz de las denuncias de operaciones y vuelos ilegales desde la isla de San Andrés. La Unidad de Inteligencia de la División de Antinarcóticos de la Policía Nacional informó que a Isleña de Aviación S.A. le figuraban anotaciones por presunto tráfico de estupefacientes. Los abogados de Isleña de Aviación interpusieron una tutela, por medio de la cual se argumentaba que se le habían violado sus derechos fundamentales al debido proceso, la intimidad y la honra, generando circunstancias que afectaban a la compañía y a su estructura. Cabe anotar que la aerolínea Isleña de Aviación salió del mercado sin haber alcanzado un año de operación a pesar de estar registrando consecutivos aumentos en el número de pasajeros en cada mes de vida. Esto demostraba la necesidad que había de suplir el mercado domestico y que era necesario en ese entonces crear otras aerolíneas que ofrecieran servicios en franca competencia con Avianca, SAM, ACES e Intercontinental de Aviación, que dominaban el mercado troncal nacional.
Las deudas que dejara en la Aeronáutica Civil por derechos de aterrizaje y arrendamientos, nunca fueron saldadas. Y así termina la corta historia de esta empresa que presentó a los colombianos una imagen moderna e innovadora en la industria de la aviación comercial.
